fread，fread 循环读文件_fread函数读取单细胞数据

     rm(list=ls())options(stringsAsFactors = F)library(Seurat)metadata1 "G:/celllungcancer/S01_metacells.csv", row.names=1, header=T)

     metadata2 "G:/celllungcancer/S01_metacells.csv", header = T,data.table = F)

     metadata3 <- fread(file ="G:/celllungcancer/S01_metacells.csv", header = T, sep = '\t',data.table = F)

     metadata4 <- fread(file = "G:/nature communication/GSE131907_Lung_Cancer_cell_annotation.txt",  header = T, sep = '\t',data.table = F)

     metadata5 <-read.table(file ="G:/celllungcancer/S01_metacells.csv",                       header = T, sep = '\t')

     metadata6 "G:/celllungcancer/S01_metacells.csv",                         header = T, sep = '\t')

     综上，txt和csv文件有本质区别：

     txt读取时需要加sep = '\t'；

     但是csv文件不可以加sep = '\t'；

     在读取大文件时候 一定要用fread函数，加载library(data.table)。

     关于fread函数参数如下：

    做基因组数据分析时，常常需要读入处理大文件，这个时候我们就可以舍弃read.table，read.csv等，使用读入速度快的fread函数

     fread(input, sep="auto", sep2="auto", nrows=-1L, header="auto", na.strings="NA", file,        

     stringsAsFactors=FALSE, verbose=getOption("datatable.verbose"), autostart=1L,        

     skip=0L, select=NULL, drop=NULL, colClasses=NULL,        

     integer64=getOption("datatable.integer64"),# default: "integer64"        

     dec=if (sep!=".") "." else ",", col.names,        

     check.names=FALSE, encoding="unknown", quote="\"",        

     strip.white=TRUE, fill=FALSE, blank.lines.skip=FALSE, key=NULL,       

     showProgress=getOption("datatable.showProgress"), # default: TRUE        

     data.table=getOption("datatable.fread.datatable") # default: TRUE      )

     input    输入的文件，或者字符串(至少有一个"\n")；

     sep    列之间的分隔符；

     sep2    分隔符内再分隔的分隔符，功能还没有应用；

     nrow    读取的行数，默认-l全部，nrow=0仅仅返回列名；

     header    第一行是否是列名；

     na.strings    对NA的解释；

     file    文件路径，再确保没有执行shell命令时很有用，也可以在input参数输入；

     stringsASFactors    是否转化字符串为因子；

     verbose    是否交互和报告运行时间；

     autostart    机器可读这个区域任何行号，默认1L,如果这行是空，就读下一行；

     skip    跳过读取的行数，为1则从第二行开始读，设置了这个选项，就会自动忽略autostart选项，也可以是一个字符,skip="string",那么会从包含该字符的行开始读；

     select    需要保留的列名或者列号，不要其它的；

     drop    需要取掉的列名或者列号，要其它的；

     colClasses    类字符矢量，用于罕见的覆盖而不是常规使用，只会使一列变为更高的类型，不能降低类型；

     integer64    读如64位的整型数；

     dec    小数分隔符，默认"."不然就是","col.names    给列名，默认试用header或者探测到的，不然就是V+列号；

     encoding    默认"unknown"，其它可能"UTF-8"或者"Latin-1"，不是用来重新编码的，而是允许处理的字符串在本机编码；

     quote    默认"""，如果以双引开头，fread强有力的处理里面的引号，如果失败了就会用其它尝试，如果设置quote="",默认引号不可用strip.white    默认TRUE，删除结尾空白符，如果FALSE,只取掉header的结尾空白符；

     fill    默认FALSE，如果TRUE，不等长的区域可以自动填上，利于文件顺利读入；

     blank.lines.skip    默认FALSE,如果TRUE，跳过空白行key    设置key，用一个或多个列名，会传递给setkeyshowProgress    TRUE会显示脚本进程，R层次的C代码data.table    TRUE返回data.table，FALSE返回data.frame。

     原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_35098081/article/details/112102283